با وجود این، طرح این مطالبه از سوی رهبری با موانع عمده‌ای روبه‌رو بوده است که می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
نخستین مانع بر سر راه گسترش کرسی‌های نظریه‌پردازی و آزاداندیشی این است که این دو پدیده به شدت در بین جامعه علمی و در میان مسئولان مرتبط با جامعه علمی مثل مسئولان وزارت علوم، مبهم است و تصور دقیقی از آنها وجود ندارد و ضرورت این پدیده‌ها هنوز شناخته شده نیست و همچنین جایگاه آنها در سازوکار آموزش در ساختار نهادهای علمی کشور معین نیست،
به همین خاطر هرکدام از چهره‌های علمی یا اجرایی درخصوص این دو پدیده مواضع متفاوتی اتخاذ کرده‌اند و هنوز کلیت نظام به یک موضع مشخص و یک تعریف معین از این دو پدیده دست نیافته است.
طبیعی است که در چنین وضعیتی این دو پدیده از اغتشاش مفهومی و هویتی در ذهن متولیان امر آسیب می‌بینند؛ چرا که این متولیان در اولین گام نشان داده‌اند که هیچ تصویر شفافی از این دو پدیده در ذهن ندارند و به عنوان درگیری ذهنی و دغدغه این عده شناخت این دو مفهوم و پرداختن به آنها مطرح نبوده و نیست. تا هنگامی که این معضل اساسی حل و فصل نشود هرگونه تلاش در این زمینه بی‌سرانجام و بدون نتیجه ارزیابی می‌شود.
نگاه اداری و بخشنامه‌ای آنگونه که وزارت علوم یا برخی دیگر از دستگاه‌ها به این دو پدیده دارند- که خود ناشی از معضل یاد شده است- نه تنها موجب رونق و گسترش این دو پدیده نخواهد شد، بلکه آنها را تا سرحد امور مبتذل اداری کاهش خواهد داد.
سخن گفتن از ابلاغ بخشنامه آزاد اندیشی یا ابلاغ دستورالعمل نظریه‌پردازی از سوی مسئولان و رسانه‌ها، حاکی از این نکته است که این عزیزان به هیچ روی مفهوم‌آزاداندیشی و نظریه‌پردازی را درک نکرده‌اند و آن را به عنوان یک امر جزئی و اداری در نظر می‌گیرند، حال آنکه آزاداندیشی یا نظریه‌پردازی اموری نیستند که بتوان با ابلاغ دستورالعمل یا بخشنامه آنها را سامان‌دهی و راه‌اندازی کرد. این حرکت همانقدر ناپخته و مبتذل به نظر می‌رسد که فرضا وزارت ارشاد با ابلاغ دستورالعمل و صدور بخشنامه قصد ترویج شعر و ادبیات و هنر در جامعه را داشته باشد.
فضاهای علمی و پژوهشی کشور هنوز در یک سازوکار فرسوده آموزشی یک طرفه از سوی استاد و معلم به دانش‌آموز و دانشجو تعریف شده‌اند و پژوهش در این سازوکار صرفا امری تزئینی یا فانتزی محسوب می‌شود.
طبیعی است که در چنین ساختار فرسوده‌ای آزاداندیشی و نظریه‌پردازی به عنوان 2 رکن اساسی تولید علم و اندیشه هیچ جایگاهی نداشته باشد. باید توجه داشت که در ساختار آموزش‌محور کنونی دستگاه‌های علمی کشور، نظریه‌پردازی یا آزاداندیشی اصولا فاقد جایگاه هستند. در این ساختار وظیفه استاد صرفا آموزش و تکلیف دانشجو صرفا آموختن است و دیگر رابطه‌ای بین دانشجو و استاد یا بین استاد و فضای علمی و نیز بین دانشجو و دانشگاه تعریف نشده است. لذا در این ساختار دو قطبی و یک سویه (از سمت استاد به سمت دانشجو) نمی‌توان شکل‌گیری یک ماتریس چند بعدی پژوهش محور، نظریه‌ساز و تفکر برانگیز را متوقع بود؛ همان‌گونه که در یک صفحه تخت صرفا می‌توان یک تصویر دو بعدی ترسیم کرد، نه یک تصویر سه بعدی.
نگرش احساسی، بعضا شعاری و به نوعی متملقانه به این دو پدیده از دیگر آفاتی است که موجب گمنام ماندن این دو پدیده در بین جامعه علمی کشور شده است.
برخی به گمان یک محبوبیت در ورای بهره‌گیری از این دو پدیده، بلافاصله پس از فرمایشات رهبرمعظم انقلاب - به عنوان پرچمدار این دو پدیده- وارد یک فرایند تبلیغاتی شده‌اند و حتی در این میان یکی از مسئولان با استفاده از اختیارات خود، چندین کرسی پی‌درپی نظریه‌پردازی برگزار کرد و خود به عنوان استاد نظریه‌پرداز در این کرسی‌ها حاضر شد و جالب آنکه تمامی این کرسی‌ها با موفقیت آن فرد مسئول به خاتمه رسید و اینگونه نمایان شد که مسئول یاد شده به عنوان قدرت خارق‌العاده نظریه‌پردازی، از این توانایی برخوردار است که اندکی پس از طرح این دو مقوله از سوی رهبرمعظم انقلاب به صورت ضربتی به نظریه‌پردازی مشغول شود و در این زمینه کرسی‌های متعددی را با موفقیت پشت سر بگذارد.
این در حالی است که یک دانشمند در طول عمر علمی خود و فارغ از همه مسئولیت‌های اجرایی، شاید بتواند یک یا حداکثر دو نظریه از خود به یادگار نهد و به عنوان استاد صاحب کرسی و نظریه شناخته شود و حرکاتی از این دست نتیجه‌ای جز به ابتذال کشاندن این دو مفهوم ارزشمند و فروکاستن آنها به بازیچه، ندارند.
با این حال عطف به سخنان اخیر مقام معظم‌رهبری، باید گفت که اگر بنا باشد جامعه علمی ما به سمت نظریه‌پردازی و آزاداندیشی حرکت‌کند، طبیعی است که قبل از هرچیز باید چنین قابلیت فکری و نرم‌افزاری‌ای در جامعه علمی ما شکل بگیرد. بدون شکل‌گیری بعد نرم‌افزاری این دو مقوله نمی‌توان متوقع بود که این دو (مقوله) در جامعه علمی کشورمان بروز و ظهور طبیعی داشته باشند. بی‌تردید تربیت انسان‌هایی متفکر، نظریه‌پرداز و آزاداندیش نیازمند ساختارهایی متفاوت از ساختارهای رایج کنونی در دانشگاه‌ها و حوزه‌هاست. علاوه بر آنکه حرکت به سمت این دو مقوله، نیازمند شناخت و مطالعه الگوهای علمی در این زمینه است.
بدون شناخت نظریه‌پردازان و چهره‌های مشهور به آزاداندیشی در جهان اسلام و مطالعه سیره و رفتار آنها و تدوین الگوی مناسب برگرفته از دین در این دو حوزه، تلاش برای تحقق آنها در جامعه علمی کشور ناممکن به نظر می‌رسد.
